يمكن استخدام الهيدروجين كعلاج مساعد للأمراض العصبية مثل الشلل الدماغي والتصلب الجانبي الضموري والتصلب المتعدد. وقد أظهرت الدراسات أن استخدام الهيدروجين يحسن وظائف الجهاز العصبي ويساعد في تقليل الأعراض المرتبطة بتلك الأمراض.